De acuerdo a sus competencias, la Comisión Administradora del Río Uruguay (CARU) desarrolla varios programas para evaluar la calidad del agua del río Uruguay. En el año 2007, junto con la Comisión Técnico Mixta de Salto Grande se inició el “Programa de Vigilancia de Playas del Río Uruguay” para monitorear la calidad del agua del río aguas arriba de la Represa de Salto Grande hasta Monte Caseros-Bella Unión y aportar información para prevenir efectos nocivos sobre la salud de la población. Desde el año 2012 se amplió el monitoreo a las playas ubicadas aguas abajo de la Represa, hasta Nueva Palmira. Desde entonces, y sin pausa hasta la actualidad, los equipos técnicos de CARU realizan mediciones in situ en 25 playas (argentinas y uruguayas) y extraen muestras de agua para su análisis en laboratorios públicos y privados de ambos países.
En los muestreos realizados se analiza la presencia de las bacterias de importancia sanitaria: Coliformes fecales (termotolerantes), Escherichia coli, y Enterococos. También se realiza el monitoreo de parámetros relacionados a floraciones algales (cianobacterias potencialmente tóxicas: microcistinas, clorofila).
Las playas que se encuentran bajo monitoreo de CARU son las siguientes: Bella Unión (ROU); Monte Caseros (RA); Belén (ROU); Santa Ana (RA); Playa Grande Federación (RA); Playa Baly Federación (RA); Las Palmeras Salto Grande (RA); Parque del Lago Salto Grande (ROU); Playa Sol Salto Grande (RA); La Toma Salto Grande (ROU); Salto Chico (ROU): Playa Nebel Concordia (RA); Playa Los Sauces Concordia (RA); Puerto Yeruá (RA); Balneario San José (RA); Balneario Inkier Colón (RA); Balneario Municipal Paysandú (ROU); Banco Pelay C. del Uruguay (RA); Puerto Viejo San Javier (ROU); Nuevo Berlín (ROU); Ñandubaysal Gualeguaychú (RA); Las Cañas Fray Bentos (ROU); La Concordia (ROU); Higueritas Nueva Palmira (ROU); y Brisas del Uruguay (ROU).